Organizmi koji žive u jezeru međusobno su povezani protjecanjem energije i kruženjem tvari kroz hranidbene lance, što im omogućuje rast, razvoj i razmnožavanje. U jezeru razlikujemo površinski - osvijetljeni sloj u kojem nalazimo proizvođače, fotosintetske organizme koji sunčevu energiju pretvaraju u kemijsku energiju, te dublji - slabije osvijetljeni sloj u kojem nalazimo potrošače i razlagače koji se njima hrane. Uginuli organizmi padaju na dno gdje ih razgrađuju bakterije - razlagači. Razgradnjom nastaju mineralne tvari, voda i ugljikov dioksid, koje proizvođači ponovno koriste i ugrađuju ih u svoj organizam i na taj način uključuju u novi hranidbeni lanac.
Na početku svog postojanja svako je jezero slabo produktivno, jer sadrži malo mineralnih soli potrebnih za rast i razvoj biljaka, cijanobakterija i algi, o kojima ovisi dostupnost hranjivih tvari za ostale organizme. S vremenom dolazi do nakupljanja mineralnih soli u jezeru - što uzrokuje intenzivan rast biljnog planktona i biljaka, te porast broja životinja. Uginuli organizmi padaju na dno gdje ih razgrađuju bakterije. Nerazgrađeni biljni i životinjski ostaci, te fina organska tvar, talože se na dnu povećavajući sloj sedimenta i jezero postaje sve pliće i produktivnije. Uz polagano zatrpavanje rubove jezera naseljavaju zajednice močvarnih i vodenih biljaka (trska, rogoz, lisičji šaš...), te grmolike i drvenaste biljke poput johe, vrbe i topole. Vodena površina se sve više smanjuje, a jezero polako prelazi u baru, a zatim i u močvaru.
Trakošćansko jezero je antropogenog porijekla. I ono je izloženo procesu starenja kojemu posebice doprinosi organski i anorganski materijal donesen potocima koji se ulijevaju u jezero, te razvoj biljnog planktona i vodenih biljaka - čijim se ugibanjem zatrpavanje jezera ubrzava. Povremenim uklanjanjem sedimenta i održavanjem biološke ravnoteže u jezeru taj se proces nastoji zaustaviti.